Eyüp’ te iskele yakınındadır. Fatih’in istanbul’u aldıktan sonra yaptırdığı ilk yapı topluluğu olması açısından önemlidir. Fatih, 1458′de Ebu Eyyüb el-Ensari’nin gömütü olarak bilinen yere türbe ve cami yaptırmıştır. Külliye, cami, türbe, medrese, imaret ve çifte hamamdan oluşmaktadır. Küçüklüğü ve yapıların düzensiz yerleşimiyle, daha sonraki Selatin külliyelerinden ayrılır.
Günümüze ulaşan cami 1798-1800′de III. Selim zamanında yapılmıştır. 1724′te, III. Murad döneminde yapılan minareler korunmuştur. Ana mekân, ortada merkezi kubbe, yanlarda 8 yarım kubbeyle örtülüdür. Dışa taşkın dört köşe mihrap da yarım kubbelidir. İç avlu 12 sütuna oturan 13 kubbeli revakla çevrelenmiştir. Cami avlusunun yanlarında medrese odaları yer alır. Güneydoğudaki imaret, kubbeli, iki büyük mekândan oluşmaktadır. Eyüp Sultan Türbesi, caminin karşısındadır.
Küfeki taşından, 8 köşeli, kubbeli bir yapıdır. Türbenin iç duvarlarım süsleyen ak, mavi çiniler ve vitraylı pencereler XVI. yy’dandır. Çinilerin üstünü yazı kuşağı dolanmaktadır. Caminin çevresindeki başlıca türbeler şunlardır: Ferhat Paşa Türbesi, Feridun Paşa Türbesi, Mehmed Paşa Türbesi, Siyavuş Paşa Türbesi (yapının çinileri ve sanduka ilginçtir), Pertev Mehmed Paşa Türbesi (1579, Mimar Sinan yapmıştır), Sokullu Mehmed Paşa Türbesi, Mustafa Bulak Paşa Türbesi, Hüsrev Paşa Türbesi, Mihrişah Sultan Türbesi. Sultan Reşat Türbesi Mimar Kemalettin’in yapıtıdır (çinilerinin güzelliğiyle ünlüdür). Çevredeki nazirede, tarihsel değeri olan lahitler ve mezar taşları bulunmaktadır.
